Τυπικά και πρακτικά ο window manager είναι άλλο ένα πρόγραμμα που τρέχει πάνω από τον εξυπηρετητή των Χ Windows μέσα στα πλαίσια που κινούνται και τα υπόλοιπα προγράμματα. Ο εξυπηρετητής δεν κάνει καμία διάκριση υπέρ του window manager. Η μόνη διαφορά είναι ότι ο window manager κάνοντας χρήση της ιδιότητας της διαφάνειας που υπάρχει στο σύστημα ζητά από τον εξυπηρετητή να ανακατευθύνει ορισμένα requests των άλλων πελατών σε αυτόν για να τα χειριστεί ο ίδιος, ο window manager, με δικό του τρόπο. Ετσι εάν ένας πελάτης ζητήσει από τον εξυπηρετητή την δημιουργία ενός παραθύρου ο εξυπηρετητής θα ενημερώσει τον window manager ο οποίος θα προβεί στις κατάλληλες ενέργειες ώστε το νέο παράθυρο να έχει τα χαρακτηριστά που θέλει αυτός (συγκεκριμένο περιθώριο, χρώμα, widgets). Συνήθως ο window manager είναι το πρώτο πρόγραμμα που ξεκινά μετά την ενεργοποίηση του εξυπηρετητή.
Υπάρχουν πολλοί window managers που διαφέρουν μεταξύ τους σε αυτά που προσφέρουν και στην αισθητική τους. Οι πιο συνηθισμένοι είναι ο twm (λιτός αλλά καλός) και ο OSF/Motif Window Manager ή mwm (πιο σύνθετος και με πιο μοντέρνα όψη).